当Google Chrome浏览器自动下载内容被误判为恶意文件时，可以尝试以下方法进行处理：
1. 检查下载的文件是否来自可信的网站或应用。确保下载的文件与您正在浏览的网页或使用的应用相关联。
2. 查看下载文件的扩展名。如果扩展名为.exe、.bat、.cmd等，则可能是恶意软件。尝试将其重命名或删除。
3. 使用杀毒软件扫描下载的文件。确保您的计算机上安装了有效的杀毒软件，并定期更新病毒库。
4. 在安全模式下启动计算机。在安全模式下，系统不会加载任何第三方软件，因此恶意软件可能无法运行。启动计算机后，尝试再次下载文件，看看是否仍然被误判为恶意文件。
5. 联系网站管理员或应用开发者。如果您确定下载的文件是可信的，但仍然被误判为恶意文件，可以尝试联系网站的管理员或应用开发者，请求他们帮助验证文件的安全性。
6. 使用其他浏览器。如果问题仍然存在，可以尝试使用其他浏览器（如Firefox、Opera等）来下载文件，以排除Chrome浏览器的问题。